Virtuální školitel

1. Zjistěte svůj režim. Program, forma (prezenční/kombinovaná), datum zahájení, standardní doba studia. Bez toho nevíte, která pravidla se na vás vztahují.
2. Sestavte OSP se školitelem — do 30 dnů. Musí obsahovat předměty, výzkumný plán, milníky, publikační záměr a mezinárodní aktivitu.
3. Zapište si termíny milníků do kalendáře i s předstihem na přihlášky (rozprava k tezím: přihláška 2 měsíce předem, návrh komise 4 měsíce předem).
4. Založte ORCID a zjistěte přístupy do EDISONu a OBD.
5. Domluvte režim schůzek se školitelem — frekvenci, formu podkladů, kdo dělá zápis.
6. Zjistěte, z čeho budete žít — doktorské stipendium, projekt, úvazek, a co z toho je jisté a co ne.
7. Začněte rešeršní deník a strukturu složek pro data (viz oblast C a E).

U kohorty zahájené od 1. 9. 2025 jsou tři roční milníky:

U starší kohorty porovnejte současné povinnosti s vlastním OSP a samostatně hlídejte státní doktorskou zkoušku — přechodná kohorta ji může mít jako oddělenou povinnost. Když si nejste jistí, co se na vás vztahuje, ptejte se studijního oddělení písemně a odpověď si uložte.

Detailní checklisty a otázky komise ke každému milníku najdete v sekci Kontrolní body.

Kredity se nesbírají „nějak během studia“. Platí současně tři typy omezení:

• Celkový součet za standardní dobu studia (240).
• Roční minimum — kolik musíte získat v každém akademickém roce.
• Kumulativní hranice — např. 120/100 kreditů po druhém roce podle formy studia.

Odkud kredity typicky pocházejí

Rozhodovací postup krok za krokem je v Rozhodovacích kartách → A.

Roční hodnocení není administrativní razítko, ale formální rozhodnutí o vašem postupu. Posuzuje se plnění OSP, kredity, milníky, publikační aktivita, mezinárodní rozměr a odborný pokrok.

Jak se na ně připravit

• Doložte, co jste skutečně dokončili — ne co je „rozpracované“.
• U publikací uveďte přesný stav (odesláno / v recenzi / přijato / vydáno / indexováno) a svůj podíl.
• Odchylky od OSP pojmenujte sami a navrhněte úpravu plánu — je to profesionálnější než čekat, až je najde komise.
• Připravte doklady k aktivitám, u nichž žádáte kredity.

Doktorandi si často pletou čtyři různé toky peněz. Rozdíl je zásadní — u některých vzniká nárok, u jiných ne.

Orientační základy odměn za publikační výsledky podle fakultní směrnice (před přepočtem podílem) jsou v Základech → typy výstupů. Vždy jde o základ, ne o nárok — rozhoduje aktuální znění směrnice, dostupnost prostředků a formální rozhodnutí.

Postup krok za krokem: Rozhodovací karty → C.

U kandidátní otázky si projděte sedm kontrol:

1. Je odpověď dosud nejistá a odborně významná?
2. Je otázka dost úzká pro dostupný čas, data a vybavení?
3. Lze klíčové pojmy měřit nebo transparentně vyhodnotit?
4. Je jasné, jaký důkaz by tvrzení podpořil — a jaký by mu odporoval?
5. Je metoda schopna odpovědět, nebo jen vytvořit zajímavé obrázky?
6. Je otázka eticky, právně, bezpečnostně a technicky proveditelná?
7. Je přínos původní, nebo jen nová aplikace rutinního postupu bez nové znalosti?

Šablona

V systému X za podmínek Y zkoumáme, jak A ovlivňuje B,
pomocí metody M, abychom ověřili tvrzení T v rozsahu R.

Zapište si — stačí pár stran, ale před sběrem dat nebo rozsáhlou simulací:

1. výzkumnou otázku a jednotku analýzy;
2. populaci, systém, prostředí a rozsah zobecnění;
3. primární výsledek a doplňkové či exploratorní výsledky;
4. způsob výběru vzorku, scénářů nebo experimentů;
5. měření, kalibrace, validaci přístrojů a zpracování signálu;
6. kritéria zařazení, vyloučení a zacházení s chybějícími hodnotami;
7. model, předpoklady, parametry a plánované citlivostní analýzy;
8. velikost efektu, intervaly nejistoty a postup při vícenásobném testování;
9. software, verze, náhodná semena a výpočetní prostředí;
10. etiku, osobní údaje, IP, bezpečnost a omezení zveřejnění;
11. pravidla pro změny plánu a jejich dokumentaci;
12. umístění dat, kódu, protokolu a záznamu rozhodnutí.

Potvrzující vs. exploratorní analýza

Obojí je legitimní. Problém vzniká, když se hypotéza vytvořená po zhlédnutí dat prezentuje jako předem stanovená. Preregistrace je časově označený plán, nikoli zákaz změn — odchylka může být správná, ale musí být vysvětlena. Registered Report navíc umožňuje, aby časopis posoudil otázku a metodu ještě před znalostí výsledků.

P-hodnota není pravděpodobnost, že hypotéza je pravdivá, a neříká, zda je efekt prakticky důležitý. Bezpečný závěr zohledňuje:

• design a kvalitu měření;
• velikost a výběr vzorku;
• velikost efektu a interval nejistoty;
• předpoklady modelu;
• počet provedených analýz (vícenásobné testování);
• citlivost na rozumné alternativy;
• věcný a bezpečnostní kontext.

Dobře reprodukovaná chyba je stále chyba a konvergovaný výpočet nemusí odpovídat realitě.

U požárního experimentu a FDS uchovávejte

• přesný scénář, geometrii, materiály, ventilaci a okrajové podmínky;
• umístění, kalibraci, rozsah a frekvenci čidel;
• počet opakování, odchylky a pravidla vyloučení;
• raw data, kalibrační soubory, zpracovaná data a kód;
• rozpočet nejistoty měření;
• přesnou verzi FDS/Smokeview, vstupní soubor, log a skripty;
• studii citlivosti na síť, časový krok a klíčové vstupy;
• oddělení blind, specified a open validace;
• hranice, za nimiž validační závěr neplatí.

Příklad tématu: šíření kouře a evakuace z budov nebo tunelů.

Nejdřív najděte několik kvalitních klíčových článků a projděte jejich názvy, abstrakty a klíčová slova — odborný pojem používaný v literatuře bývá jiný než ten, který vás napadne první.

Operátory

• OR rozšiřuje — stačí kterékoli synonymum;
• AND zužuje — musí být přítomny oba bloky;
• uvozovky označují frázi, ale význam se liší podle databáze;
• * zastupuje více koncovek: evacuat*;
• závorky určují, co patří k sobě;
• NOT / AND NOT odstraňuje nežádoucí význam — ale může skrýt i relevantní článek.

Dotaz pro Scopus

TITLE-ABS-KEY(
  (evacuat* OR "emergency egress")
  AND (smoke W/3 spread*)
  AND (building* OR tunnel*)
)
AND NOT TITLE-ABS-KEY(wildfire*)

Překlad pro Web of Science Core Collection

TS=(evacuat* OR "emergency egress")
AND TS=(smoke NEAR/3 spread*)
AND TS=(building* OR tunnel*)
NOT TS=(wildfire*)

Co jednotlivé části dělají

Skládání od širokého k přesnějšímu

Praktické pravidlo: nejdřív zlepšujte pojmové bloky a blízkost; vylučování přidávejte až po kontrole, co přesně jste odstranili.

Jak testovat

1. Projděte prvních ~20–50 záznamů seřazených podle relevance i data.
2. Zjistěte, proč přicházejí nerelevantní záznamy a proč chybějí známé relevantní články.
3. Měňte vždy jednu část dotazu, aby byl účinek pochopitelný.
4. Nepřidávejte příliš mnoho bloků najednou — abstrakt nemusí obsahovat každý detail otázky.
5. Projděte reference klíčových článků a články, které je později citovaly.
6. Nastavte upozornění na nové záznamy a před odevzdáním rešerši aktualizujte.

Rešeršní deník — co zapsat

Přesný název databáze a kolekce · datum vyhledávání · celý dotaz, ne jen klíčová slova · filtry a jazyková omezení · počet nalezených záznamů · exportovaný soubor a formát · způsob odstranění duplicit · kritéria zařazení a vyloučení · počty záznamů v jednotlivých fázích · důvody významných změn dotazu.

Nejdřív ověřte zdroj, teprve pak jeho tvrzení použijte

• Je to původní studie, přehled, metodika, norma, editorial, preprint nebo popularizace?
• Odpovídá metoda výzkumné otázce?
• Jak byl vybrán vzorek nebo scénáře?
• Jsou data, kód a omezení dostatečně popsány?
• Podporují výsledky skutečně závěr, který chcete citovat?
• Existuje novější oprava, výraz obav nebo retrakce?
• Citujete přesnou verzi dokumentu a jeho DOI, ne jen webovou kopii?

Počet citací není důkaz pravdivosti. Starší hojně citovaný článek může být metodicky překonaný; nový důležitý článek nemusí mít zatím jedinou citaci.

Poznámka, kterou za rok použijete

Ke každému klíčovému zdroji: úplná citace a trvalý identifikátor · jednověté tvrzení, které zdroj podporuje · populace, podmínky a meze platnosti · metoda a hlavní výsledek vlastními slovy · zásadní omezení · vztah k vaší otázce · přesná stránka/obrázek/tabulka · zda jste četli celý text, nebo jen abstrakt.

Citační manažer nezaručuje správnost

Zotero, EndNote či Mendeley ukládají metadata a PDF, ale před odevzdáním kontrolujte: autory a jejich pořadí · název článku a časopisu · rok, ročník, číslo, stránky · DOI · velká písmena a diakritiku · typ dokumentu · duplicity a záznamy vzniklé z nekvalitních PDF metadat.

Normy, zákony, software a data

• Norma: vydávající organizace, číslo, název, vydání/rok — a ověřte, zda jde o platnou normu, změnu, staženou verzi, nebo teprve návrh (CD/DTS). Návrh normy není platný technický požadavek.
• Právní předpis: účinné znění k rozhodnému datu, ne původní vydání.
• Software: verze/release, případně commit, prostředí a archivovaný identifikátor. Odkaz na větev latest není reprodukovatelná citace.
• Data: konkrétní verze datasetu, autor, repozitář, licence a version DOI — obecný concept DOI může později ukazovat na jinou verzi.
• Web: autor/provozovatel, datum verze, datum přístupu a podle významu archivovaná kopie.

Scopus versus Web of Science

Ani jedna databáze není „lepší“ pro všechny účely. Mají jiný výběr zdrojů, retrospektivu i zpracování metadat — proto má stejný autor jiný počet dokumentů, citací i jiný h-index. V každé odborné zprávě uveďte databázi, kolekci, datum a filtry.

Google Scholar má širší a méně transparentně kontrolované pokrytí. Hodí se k objevení textu a citačních vazeb, ne jako důkaz indexace nebo oficiálního kvartilu. Podle otázky přidejte oborové zdroje (IEEE Xplore, PubMed, Chemical Abstracts, normy, patentové databáze).

Obrazovku čtěte shora dolů ve čtyřech vrstvách:

identita autora    → jméno, Author ID, ORCID, afiliace
souhrnné metriky   → dokumenty, citace, h-index
časový a tematický obraz → grafy, obory, témata
zdrojová evidence  → jednotlivé dokumenty, spoluautoři, citační vazby

Praktická kontrola profilu (dělejte jednou ročně)

1. Ověřte podobu jména a afiliaci.
2. Projděte dokumenty a označte chybějící nebo cizí záznamy.
3. Zkontrolujte, zda nevznikly dva profily téže osoby.
4. Propojte ORCID a používejte ho při odevzdávání rukopisů i dat.
5. Opravu žádejte přes nástroj databáze — oprava OBD sama Scopus neopraví.
6. Po změně počítejte s prodlevou a výsledek znovu ověřte.

Stejně kontrolujte WoS Author Record / Researcher Profile. Spravovaný profil může obsahovat i neindexované publikace, ale jeho agregované metriky a h-index vycházejí pouze z WoS Core Collection.

Čtyři úrovně metrik

Neexistuje jeden „kvartil časopisu“ — zapište vždy pět údajů

1. produkt a metriku (JCR/JIF, Scopus Sources/CiteScore, SCImago/SJR);
2. rok metriky;
3. přesný časopis a ISSN/eISSN;
4. oborovou kategorii;
5. kvartil nebo percentil v této kategorii.

Jeden časopis může být v témže roce Q1 v jedné kategorii a Q2 v jiné, a jiný kvartil podle JIF, JCI, CiteScore a SJR. Označení „Q1“ na webu vydavatele proto samo nestačí. Na hranicích a při shodných hodnotách se přiřazení mezi produkty liší — kvartil nepočítejte vydělením pořadí počtem časopisů.

Postup ověření krok za krokem

1. Zjistěte přesný název a ISSN/eISSN — podobné názvy mohou označovat jiný zdroj.
2. Určete účel: podmínka obhajoby / kredit VŠB / volba časopisu / obecný popis. Každý může vyžadovat jinou metriku.
3. Pro JIF otevřete Journal Citation Reports, vyhledejte ISSN, zvolte rozhodný rok a zapište JIF, kategorii, pořadí a kvartil.
4. Pro CiteScore použijte záznam Scopus Sources; pro SJR ověřte v SCImago. CiteScore kvartil a SJR kvartil nejsou totéž, i když oba pracují s daty Scopusu.
5. Samostatně ověřte, zda byl časopis a konkrétní typ dokumentu pokryt v roce publikování.
6. Při více kategoriích zaznamenejte všechny a teprve pak použijte univerzitní agregační pravidlo.
7. Uložte datum kontroly a důkaz — a před ročním hodnocením ověřte znovu.

Nejčastější omyly

• JIF a CiteScore nejsou totéž a nemají stejný zdroj ani výpočet.
• Q1 ve Scopusu ≠ Q1 ve Web of Science.
• Indexace časopisu dnes nedokazuje indexaci v roce vydání vašeho článku.
• Indexace časopisu neznamená, že je indexován každý typ jeho obsahu.
• Metrika vydaná v určitém roce může vycházet z předchozího citačního období.
• Vysoká citovanost může vzniknout i kritikou nebo metodickou chybou.

U každého výstupu položte čtyři oddělené otázky. Odpověď „ano“ v jednom sloupci neznamená „ano“ v ostatních.

Na co si dát pozor u definic

• Jost — nejméně 2 tiskové strany a úplná definice; samotné ISSN nebo tvrzení vydavatele nestačí.
• B — nejméně 50 tiskových stran a původní souvislé vědecké zpracování; ne skripta ani propagační text.
• C — tentýž předkladatel nevykazuje tutéž knihu současně jako B i její kapitoly jako C.
• D — plný text ≥ 2 tiskové strany bez fotografií, grafů, map, obrázků, tabulek a reklamy, plus požadovaná indexace proceedings.
• R (software) — doložitelná novost a unikátnost návrhu, technická dokumentace, veřejný popis funkčnosti a licenční podmínky; pouhá aplikace známého programu nestačí.
• S, Topen/Tost — veřejná dostupnost, strojově čitelná metadata, PID a licence; interní databáze nestačí.
• P — udělený patent, ne přihláška.

Pro program P1032D020004 předpis požaduje:

• nejméně tři tematicky relevantní publikace typu Jimp, JSC nebo D;
• nejméně jeden z nich musí být článek evidovaný ve Web of Science v časopise s přiděleným JIF;
• publikace musí mít afiliaci FBI;
• součet mentálních podílů nejméně 1,0 (u vymezených starších studentů 0,7).

Rozhodnými výstupy mohou být vydané nebo přijaté práce. Dosud neindexovaná přijatá práce se dokládá vyjádřením editora — tím ale není zaručena budoucí indexace. Stále je nutné ověřit typ dokumentu, zamýšlenou databázi a přidělený JIF tam, kde je požadován.

Open Access znamená bezplatný online přístup a jasně stanovená práva k dalšímu užití. Neznamená automaticky, že autor platí — ani že je časopis kvalitní.

Tři verze rukopisu

• Preprint — text před formálním recenzním řízením.
• AAM / accepted manuscript — autorský rukopis po recenzi a přijetí, bez finální sazby vydavatele.
• VoR / version of record — oficiálně publikovaná finální verze.

Vydavatel může povolit uložení AAM, ale zakázat uložení VoR. Kontrolujte konkrétní licenci a publikační smlouvu.

APC a transformační smlouvy — co ověřit před odesláním

1. Je časopis a typ článku do smlouvy zahrnut?
2. Musí být korespondenční autor z VŠB-TUO?
3. Jakou afiliaci a institucionální e-mail použít?
4. Je kvóta ještě dostupná?
5. Jaká licence bude použita?
6. Dovoluje náklad konkrétní projekt?

APC je poplatek za publikování, ne za kvalitu. Transformační smlouva nebo „token“ je mechanismus úhrady, ne nový typ OA.

Doporučené pořadí rozhodování

1. Shoda tématu a publika — čtou zdroj lidé, kteří mají výsledek použít nebo posoudit?
2. Podobné články — publikoval zdroj v posledních letech stejný typ metody a důkazu?
3. Typ dokumentu — přijímá to, co skutečně máte (článek, data paper, software paper, review, proceedings)?
4. Ověření identity — sedí název, ISSN/eISSN, doména, vydavatel a záznam přímo v databázi?
5. Požadavek studia a projektu — přinese výstup potřebný typ, index, licenci a termín?
6. Editorská a recenzní praxe — jsou popsány role, peer review, etika, opravy, střety zájmů?
7. Metrika — jaký rok, kategorie, přesná metrika; a potřebujete ji vůbec pro daný účel?
8. Přístup a práva — OA model, licence, repozitář, embargo, práva k obrázkům a datům.
9. Cena — APC, další poplatky, cesta, pobyt a schválený zdroj financování.
10. Čas a riziko — reálná délka recenze a výroby; marketingový „průměr“ není záruka.

Varovné signály predátorské nebo klamavé nabídky

• nevyžádané lichotivé oslovení mimo váš obor;
• slib přijetí nebo publikace během několika dnů;
• „impact factor“ od neznámé organizace;
• nejasné nebo dodatečně odhalené poplatky;
• falešné tvrzení o indexaci;
• nedohledatelná redakce nebo lidé uvedení bez souhlasu;
• napodobená doména známého časopisu či konference;
• velmi široký záběr bez odborné identity;
• chybějící postup pro opravy, retrakce, data a střety zájmů;
• tlak na platbu nebo převod práv před řádným přijetím.

Podezřelý e-mail sám není důkaz podvodu a profesionální web není důkaz důvěryhodnosti. Ověřujte u původního vydavatele, v databázi a s knihovnou.

Konference: co ověřit před zaplacením

Pořadatele, historii akce, místo, program, vědecký výbor, skutečný způsob recenze, poplatky, vydavatele proceedings a přesný typ textu. Tvrzení o plánované indexaci si zaznamenejte, ale nepovažujte je za důkaz — indexace minulého ročníku nic nezaručuje. Po vydání ověřte konkrétní svazek a pak konkrétní dokument přímo v databázi.

Autor má významně přispět k práci, podílet se na tvorbě nebo zásadní revizi rukopisu, schválit konečnou verzi a přijmout odpovědnost za svou část i integritu celku. Pouhé financování, obecné vedení, postavení vedoucího nebo technická pomoc zpravidla nestačí.

Čtyři odlišné dohody, které se pletou

1. Autorství — kdo splňuje kritéria odpovědného autorství.
2. Pořadí autorů — oborová dohoda o viditelnosti a příspěvku.
3. CRediT role — slovní popis vykonaných činností (14 rolí). CRediT neurčuje, kdo je autor, pořadí ani procentní podíl.
4. Mentální podíl v OBD — deklarovaný intelektuální podíl každého autora; součet přes všechny autory = 100 %. Používá se mimo jiné pro kredity a stipendijní výpočty.

Pořadí autorů se tedy nepřevádí automaticky na mentální podíl. Podíly dohodněte podle skutečného příspěvku před odevzdáním a znovu je potvrďte, pokud se role během revize výrazně změnily. OBD z mentálních podílů odvozuje interní a finanční podíly pracovišť — to ale není osobní výplata autora.

Dohoda před prvním rukopisem — co zapsat

Pracovní seznam autorů a podmínky změny · předpokládané pořadí · CRediT role a odpovědnost za data, obrázky, kód a literaturu · korespondenčního autora · mentální podíly · správný institucionální název a afiliaci FBI · projekt, financování a poděkování · střety zájmů · kdo připraví odpověď recenzentům a kdo schválí finální verzi.

Z čeho se skládá výzkumný článek

Ne každý časopis používá IMRaD a ne každý výstup je původní výzkumný článek: review syntetizuje literaturu, protocol popisuje plán před výsledky, data paper zpřístupňuje dokumentovaný dataset, software paper popisuje software, letter je krátká forma. Marketingový název vydavatele sám neurčuje kód RIV ani kreditní hodnotu.

Před odesláním

• potvrďte časopis a přesný typ dokumentu;
• přečtěte pokyny pro autory a etické, datové a AI zásady;
• ověřte, že rukopis není posuzován jinde; přiznejte preprint a překryv s dřívější prací;
• dokončete interní odbornou kontrolu, autorství a afiliace;
• ověřte obrázky, licence a povolení k převzetí;
• propojte tvrzení s výsledky a výsledky s metodou;
• zkontrolujte reference, DOI a případné opravy či retrakce;
• připravte prohlášení o datech, kódu, financování a střetech zájmů;
• ověřte cenu a schválení platby před závazným krokem.

Typický tok recenzního řízení

odeslání → technická kontrola → editor → recenzenti
         → zamítnutí / revize / přijetí
         → sazba a autorská korektura → publikace
         → OBD a repozitář
         → případná indexace po samostatném zpracování databází

„Major revision“ není zamítnutí ani osobní selhání. Odpověď recenzentům pište bod po bodu:

1. poděkujte a stručně uveďte, co se změnilo;
2. vložte nebo přesně parafrázujte každý komentář;
3. odpovězte konkrétně, s odkazem na stranu/řádek;
4. při nesouhlasu vysvětlete odborný důvod a nabídněte úpravu, která odstraní nejasnost;
5. nedělejte nový experiment jen proto, abyste recenzenta uklidnili, pokud neodpovídá otázce — zdůvodněte rozsah;
6. neukrývejte vedlejší změny, které mohou ovlivnit závěr.

Po publikování

Zkontrolujte finální verzi a DOI · uložte povolenou verzi do repozitáře · doplňte OBD, ORCID a projektové výkazy · po době indexace ověřte Scopus a WoS · uschovejte přijetí, smlouvu, licenci, fakturu a datové prohlášení · sledujte chyby a opravte je transparentně.

Chyba po publikaci se neřeší tichou výměnou souboru. Podle závažnosti existuje oprava, výraz obav nebo retrakce. Retrakce chrání záznam vědy a není totožná s trestem — vždy čtěte její důvod.

Výzkumná data nejsou jen tabulka s výsledky — patří sem raw měření, obrazové a zvukové záznamy, laboratorní deník, dotazníky, databázové exporty, simulační vstupy a výstupy, kód, modely, kalibrační soubory, metadata a dokumentace rozhodnutí.

plán → získání nebo vytvoření → kontrola a zpracování → analýza
     → uchování a zálohování → zpřístupnění nebo řízený přístup
     → dlouhodobá archivace, nebo oprávněné vyřazení

Minimální obsah plánu správy dat (DMP)

1. Jaká data, kód a dokumentace vzniknou a v jakých formátech?
2. Odkud data pocházejí a kdo je smí použít?
3. Jak budou pojmenovány soubory, verze a experimenty?
4. Kde bude pracovní kopie, záloha a kdo má přístup?
5. Jak se ověří integrita, kalibrace a kvalita dat?
6. Jaká metadata a README umožní data pochopit?
7. Obsahují data osobní, citlivé, bezpečnostní, smluvní nebo obchodní informace?
8. Kdo má práva a rozhodovací pravomoc; kdo je u osobních údajů správcem?
9. Co bude otevřeno, co omezeno a proč?
10. Kde se výsledek dlouhodobě uloží, s jakým PID a licencí?
11. Jak dlouho se uchová a kdo bude odpovědný po vašem odchodu?
12. Jaké zdroje, náklady a schválení jsou potřeba?

Osvědčená struktura složek

00_admin/       protokol, schválení, DMP, rozhodnutí
01_raw/         neměnná původní data
02_interim/     očištěná a odvozená data
03_code/        skripty, prostředí a testy
04_results/     tabulky a obrázky vytvořené kódem
05_manuscript/  text a materiály pro publikaci
README          význam souborů, jednotky, původ a postup reprodukce

Identifikující souhlasy a klíč propojující pseudonym s osobou uchovávejte odděleně v přísně omezeném úložišti. Raw data chraňte jako neměnnou master kopii; odvozený soubor musí být znovu vytvořitelný z raw dat zdokumentovaným postupem. Git je vhodný pro text a kód, ale sám neřeší bezpečné ukládání velkých nebo citlivých dat.

FAIR neznamená automaticky otevřeně

Principy FAIR požadují dohledatelnost, přístupnost za jasných podmínek, interoperabilitu a znovupoužitelnost. Osobní údaje, bezpečnost, IP, smlouva nebo dual-use mohou oprávněně bránit úplnému otevření.

Podepsaný souhlas automaticky neřeší nepřiměřené riziko a etické schválení samo neurčuje právní titul.

Před sběrem osobních údajů

• nakreslete tok dat od získání po smazání nebo archivaci;
• určete správce, zpracovatele, příjemce a případné předání do zahraničí;
• určete právní titul podle čl. 6 (a u zvláštních kategorií i čl. 9) GDPR;
• nechte správce rozhodnout o DPIA, zpracovatelské smlouvě a mechanismu pro přenos mimo EHP;
• sbírejte jen proměnné potřebné pro otázku;
• rozlište anonymní, pseudonymizovaná a identifikovatelná data;
• nastavte přístupy, šifrování, zálohy a retenční dobu;
• připravte srozumitelnou informaci účastníkovi a postup odvolání;
• zvažte zranitelné osoby, mocenskou nerovnováhu a neočekávané nálezy;
• předem řešte nahrávání hlasu, obrazu, polohy, biometrie a zdravotních údajů;
• stanovte postup při bezpečnostním incidentu.

Výzkum bez lidí může také vyžadovat etickou úvahu

Etická rizika mají i experimenty na zvířatech, externí databáze, automatizované rozhodování, práce s citlivými komunitami, bezpečnostní simulace, sledování sociálních sítí, environmentální dopady a technologie dvojího užití. Riziko zařaďte podle povahy — etický aspekt k etické komisi, osobní údaje ke správci a pověřenci, BOZP k odpovědné osobě pracoviště, dual-use k institucionální odolnosti. Jedno stanovisko nenahrazuje ostatní povolení a nelze spoléhat na zpětné schválení.

Závažná porušení

• Fabrication — vymyšlení dat, pozorování nebo zdroje.
• Falsification — neoprávněná manipulace s materiály, procesem, obrazem či daty nebo neodůvodněné zamlčení výsledků.
• Plagiarism — převzetí cizích slov, myšlenek, obrázků, dat či kódu bez přiznání.

Další problematické praktiky

Selektivní vykazování „pěkných“ výsledků · změna hypotézy po analýze bez přiznání · účelové dělení studie do mnoha článků · duplicitní publikace · manipulace obrázků měnící význam · nezdokumentované vylučování dat · darované/zamlčené/vynucené autorství · falešné citace a citační nátlak · uvádění neexistujícího schválení nebo financování · bránění oprávněné kontrole dat · zneužití důvěrného rukopisu z recenze.

Obrázky

Globální úpravu jasu, kontrastu či barev lze použít jen tehdy, když nemění interpretaci a je aplikována transparentně. Lokální retuš, odstranění prvku, spojení polí nebo opakované použití snímku musí být výslovně označeno a nesmí vytvářet ani odstraňovat vědecký znak. Uchovávejte původní soubory i postup vytvoření obrázku.

Když uděláte chybu — šest kroků

1. Přestaňte chybný výsledek dále šířit.
2. Uchovejte původní data a záznam toho, co se stalo.
3. Určete dopad na tabulky, obrázky, závěry, bezpečnost a další práce.
4. Informujte školitele a podle situace další odpovědnou osobu; je-li školitel ve střetu, použijte nezávislou institucionální cestu.
5. Opravte transparentním postupem — publikovaný soubor potichu nepřepisujte, použijte opravu vydavatele nebo novou verzovanou položku repozitáře.
6. Zaznamenejte příčinu a prevenci opakování.

AI pomůže s brainstormingem, strukturou, jazykovou revizí, návrhem kódu nebo hledáním testovacích případů. Umí ale vytvořit neexistující citaci, přesvědčivě nesprávný výklad, licenční problém, únik důvěrných dat nebo chybný kód.

VŠB-TUO má institucionální pravidla TUO_LEG_24_002 (verze B, účinná od 1. 5. 2026). Současně vždy platí pravidlo konkrétního předmětu, projektu, vydavatele a způsobu zpracování dat — univerzitní politika není univerzálním souhlasem s libovolným nástrojem.

Bezpečný pracovní rámec

1. Nejdřív zkontrolujte pravidla univerzity, projektu, předmětu, časopisu a konference.
2. Osobní, neveřejné, smluvně chráněné nebo potenciálně patentovatelné informace nevkládejte, dokud správce či držitel práv spolu s odpovědnou bezpečnostní/IP rolí neschválí účel, rozsah a nástroj. Samotný souhlas školitele nestačí.
3. Každé tvrzení ověřte v původním dohledatelném zdroji.
4. Každou citaci vyhledejte a skutečně přečtěte — AI výstup není bibliografický zdroj.
5. Kód testujte proti známým případům, kontrolujte licence a dokumentujte zásahy.
6. Uchovejte záznam nástroje, verze, data, účelu, typu vstupu a způsobu ověření.
7. Použití přiznejte v rozsahu požadovaném institucí nebo vydavatelem.
8. Odpovědnost za konečný text, data, analýzu i reference nese vždy autor.

Jednoduchý záznam použití AI

Do běžného logu nekopírujte citlivý prompt ani odpověď — uchovejte bezpečný popis nebo odkaz na záznam v úložišti odpovídajícím klasifikaci dat.

Autorství vědeckého textu, původcovství technického řešení a vlastnictví práv jsou tři odlišné otázky. Zaměstnanecký nebo projektový režim může určit, že některá majetková práva vykonává instituce.

Kontrola před každým veřejným zveřejněním

Před článkem, preprintem, abstraktem, posterem, prezentací, daty, kódem nebo ukázkou prototypu:

• Je v materiálu technické řešení, které může být patentovatelné?
• Kdo je skutečný původce a kdo vykonává práva?
• Bylo řešení vytvořeno v zaměstnání nebo z projektu?
• Existuje NDA, konsorciální smlouva nebo povinnost předchozí kontroly partnerem?
• Máte právo zveřejnit externí data, fotografii, mapu, normu či software?
• Jaká licence umožní zamýšlené užití a splní grant?
• Nezničí veřejné zveřejnění podmínku novosti?

Licence v kostce

• Licence neříká, kdo je autor; říká, co smí další osoba s dílem nebo daty dělat.
• CC BY dovoluje široké užití včetně komerčního při uvedení atribuce a označení změn.
• CC BY-NC omezuje komerční užití — ale „nekomerční“ nemusí odpovídat požadavku grantu.
• Creative Commons obvykle není vhodná pro samotný software; u kódu se používají softwarové licence.
• Bez licence není veřejně dostupný soubor automaticky volně použitelný.
• Licencovat lze jen to, k čemu máte potřebná práva.

NDA samo neurčuje vlastnictví výsledku ani nepovoluje zveřejnění.

Odborná zajímavost experimentu není povolením jej provést. Ve výzkumu požáru, výbuchu, toxických látek, kritické infrastruktury, dronů, kybernetiky nebo evakuace může chyba ohrozit lidi i okolí.

Před experimentem

• získejte místní oprávnění a školení;
• podílejte se na posouzení rizik a nechte postup schválit oprávněnou osobou;
• ověřte, kdo smí experiment schválit a kdo jej smí obsluhovat;
• zkontrolujte přístroje, kalibraci, limity a údržbu;
• upřednostněte odstranění rizika a technická či organizační opatření; připravte OOPP a nouzový postup;
• řešte odpad, emise a kontaminaci;
• stanovte podmínky zastavení experimentu;
• evidujte incidenty a téměř-nehody;
• neposouvejte bezpečnostní limity bez nové kontroly.

Při incidentu nejprve zastavte práci a chraňte osoby, pak použijte nouzový a ohlašovací postup. Experiment neobnovujte, dokud odpovědná osoba nepotvrdí další postup.

Dual-use a institucionální odolnost

Položka, technologie, software, znalost nebo činnost dvojího užití může mít legitimní i škodlivou aplikaci. Kontrola se netýká jen fyzického vývozu, ale podle okolností i dat, modelu, technické pomoci, cloudového přístupu nebo školení.

Před spoluprací, předáním dat či kódu nebo citlivou prezentací shromážděte: partnera a skutečného koncového uživatele · zemi, sankce a způsob přenosu · technický obsah a kontrolovaný režim · deklarovaný a realistický účel · osobní údaje, kyberbezpečnost, IP a smlouvy · zda je nutná licence nebo institucionální schválení.

Není to turistický pobyt ani pouhá účast na zahraniční konferenci. Pro program P1032D020004 lze povinnost splnit zejména:

• jedním zahraničním pobytem v délce nejméně 30 kalendářních dnů;
• dvěma pobyty, z nichž každý trvá nejméně 15 kalendářních dnů;
• účastí v projektu poskytovatele se sídlem mimo ČR, kde jste nejméně členem řešitelského týmu — dokládá se potvrzením odpovědného řešitele a spoluautorstvím nejméně jednoho výsledku s dedikací projektu.

Za splnění náleží 30 kreditů. Aktivita nad povinný rozsah může být dále kreditována podle platných limitů. U mobility kreditované nad rámec povinného rozměru se výjezd do domovské země za mobilitu nepovažuje.

Deset kroků před mobilitou

1. Ujasnit odborný cíl: data, experiment, metoda, kurz, společný článek nebo část disertace.
2. Získat souhlas školitele, hostitele a fakultního pracoviště.
3. Ověřit, zda typ a délka pobytu skutečně splní mezinárodní rozměr.
4. Vyřešit EDISON, přihlášku, Letter of Acceptance a další formuláře.
5. Podepsat účastnickou či finanční smlouvu před cestou, je-li požadována.
6. Naplánovat rozpočet — grant je zpravidla příspěvek, ne úhrada všech nákladů.
7. Zkontrolovat pojištění, víza, cestovní příkaz, bezpečnostní situaci a nouzové kontakty.
8. Předem vyřešit data, GDPR, etické souhlasy, IP, publikování a dual-use.
9. Domluvit konkrétní výstup a způsob potvrzení aktivity.
10. Zachovat průběžnou vazbu se školitelem a OSP.

Po návratu doložte

Potvrzení hostitelské instituce se skutečnou délkou pobytu · formulář After the Mobility fakultnímu koordinátorovi (kopii školiteli) · odbornou zprávu nebo výstup dle dohody · finanční vyúčtování a cestovní doklady · podklady pro uznání kreditů · změnu OSP, je-li potřeba. Přehled splnění mezinárodního rozměru (příloha 4) je součástí podkladů k žádosti o obhajobu.

Jak číst rozpočet

• Cestovné hradí schválenou cestu podle pravidel — není osobní odměna.
• Vybavení se eviduje podle majetkových pravidel instituce; není majetkem doktoranda.
• APC lze zaplatit jen z dovoleného zdroje a po schválení.
• Mzda vzniká z pracovního vztahu; stipendium rozhodnutím podle stipendijních pravidel.
• Nepřímé náklady nejsou volně čerpatelnou částí řešitele.

Osm otázek před vstupem do projektu

1. Jaký úkol a rozhodovací pravomoc máte?
2. Jaký výstup se očekává a smí být součástí disertace?
3. Kdo vlastní data, kód, vzorky a IP?
4. Kdy lze publikovat a kdo publikaci kontroluje?
5. Jak bude uznáno autorství a mentální podíl?
6. Jaký je časový závazek vůči OSP?
7. Je činnost placena, kreditována, obojí, nebo ani jedno?
8. Kdo nese náklady a odpovědnost po skončení projektu?

Výuka rozvíjí odbornou komunikaci, ale nesmí bez kontroly vytlačit disertaci. V programu lze za dvě hodiny výuky týdně získat 4 kredity, nejvýše 8 za semestr. Rozhoduje skutečně uznatelná a evidovaná výuka, ne každá neformální pomoc studentům. Programový předpis u prezenčních doktorandů počítá s pedagogickou činností nejvýše čtyři hodiny týdně v průměru za semestr; činnost nad tento rozsah má být řešena pracovněprávně.

Před začátkem výuky

• zjistěte očekávaný počet kontaktních hodin a přípravy;
• vyjasněte odpovědnost za obsah, hodnocení, bezpečnost a studenty se specifickými potřebami;
• získejte přístup k systému a pravidlům předmětu;
• domluvte, jak se výuka doloží pro kredity;
• hlídejte střet rolí (např. hodnocení blízké osoby);
• používejte cizí materiály s odpovídající licencí a citací.

PhD Akademie a Writing Support Centre

PhD Akademie nabízí kurzy psaní, grantů, statistiky, dat, prezentace, výuky, transferu i time managementu — v účinném seznamu z 15. 9. 2025 šlo o 42 kurzů s různou kreditní hodnotou (některé až 10 kreditů, krátké workshopy 0). Celkem lze za kurzy získat nejvýše 30 kreditů za studium. Kurz je přínosem i bez kreditů, ale do kreditního plánu zapisujte jen ověřenou hodnotu.

Writing Support Centre pomáhá s výzkumnými i přehledovými články, konferenčními příspěvky a disertací. Konzultace nenahrazuje autorovu odbornou práci ani odpovědnost.

Doktorát nevede jen k jedné pracovní pozici. Užitečný profil vzniká kombinací odborné hloubky a přenositelných dovedností.

Co budovat průběžně

• stručný popis výzkumného přínosu bez oborového žargonu;
• publikace, data, software, metody, prototypy a vaši konkrétní roli v nich;
• reprodukovatelné ukázky práce, lze-li je legálně zveřejnit;
• projektové žádosti, řízení úkolu a rozpočtovou zkušenost;
• výuku, mentoring a popularizaci;
• mezinárodní spolupráci a odbornou síť;
• prezentace pro akademické i aplikační publikum;
• přenos výsledku do praxe, standardu, metodiky nebo veřejné politiky;
• reflexi neúspěchu, změny plánu a řešení problému;
• ORCID a aktuální profil bez zavádějících metrik.

Rámec ResearchComp dělí kompetence výzkumníka do sedmi oblastí a 38 dovedností. Není to soutěž o skóre, ale mapa mezer — jednou za půl roku si vyberte jednu odbornou, jednu metodickou a jednu kariérní dovednost a rozvíjejte ji na konkrétním úkolu.

Doporučená agenda

1. Co bylo od posledně skutečně dokončeno?
2. Jaký nový důkaz nebo problém vznikl?
3. Které rozhodnutí je dnes potřeba udělat?
4. Co blokuje další krok a kdo může pomoci?
5. Jaký je stav termínů, kreditů, publikací, dat, etiky a rozpočtu?
6. Co přesně vznikne do další schůzky, kdo to udělá a kdy?

Supervizní síť — koho mít kolem sebe

Metodický nebo statistický konzultant · odborník na zařízení, software či data · kolega pro vzájemné čtení textu · zahraniční spolupracovník · kariérní mentor · nezávislý institucionální kontakt pro případ konfliktu. Síť nenahrazuje formální pravomoc školitele a oborové rady, ale snižuje závislost na jediné osobě.

Globální průzkum doktorandů Nature (2025) zjistil souvislost mezi častějším kontaktem se školitelem a vyšší spokojeností — nejde ale o důkaz, že samotný počet hodin způsobuje dobré vedení. Týž průzkum upozornil na závažnou zkušenost části respondentů s diskriminací a obtěžováním.

Nejprve vytvořte věcný záznam

• časovou osu událostí;
• konkrétní požadavek, rozhodnutí nebo chybějící odpověď;
• relevantní e-maily, zápisy, verze dokumentů a termíny;
• dopad na studium, bezpečnost, data nebo zdraví;
• pokus o řešení, byl-li bezpečný a vhodný;
• čeho chcete dosáhnout: rozhodnutí, mediace, změny role, ochrany, prošetření.

Pište fakta, nikoli diagnózu motivů druhé osoby. Dokumenty uchovávejte legálně; nevynášejte osobní nebo důvěrná data, která s věcí nesouvisejí.

Co funguje

• oddělte čas na hlubokou práci, administrativu, schůzky a odpočinek;
• určete tři nejdůležitější týdenní výsledky, ne nekonečný seznam úkolů;
• plánujte rezervu na opravy zařízení, zamítnutí článku a nemoc;
• rozlišujte studium, zaměstnání, výuku a volný čas;
• domluvte očekávání dostupnosti mimo pracovní dobu;
• pravidelně kontrolujte, zda aktivita slouží disertaci, povinnosti nebo kariérnímu cíli;
• při přetížení nejdřív omezte nebo přesuňte rozsah, ne jen zvyšujte tempo.

Kdy to není „slabší produktivita“

Dlouhodobá nespavost, úzkost, beznaděj, panické stavy, výrazný pokles fungování, užívání návykových látek jako hlavního způsobu zvládání nebo myšlenky na sebepoškození vyžadují odbornou podporu podle naléhavosti.

Koučování pomáhá s cíli a pracovními návyky, psychologická konzultace s duševní zátěží, zdravotnická služba s diagnostikou a léčbou. Školitel není terapeut — může otevřít otázku zátěže a upravit odborná očekávání ve své kompetenci, ale formální úpravu OSP schvaluje příslušný orgán.

Čtenář musí z práce rozpoznat:

1. jaký problém a jakou mezeru práce řeší;
2. co je vaším původním přínosem;
3. proč jsou zvolené metody vhodné;
4. jak vznikla a byla kontrolována data;
5. jaký důkaz podporuje každý hlavní závěr;
6. s jakou nejistotou a v jakých mezích závěry platí.

Mapa argumentu — pomůcka, která zachrání strukturu

Pro každý deklarovaný přínos vyplňte řádek:

tvrzení → důkaz → metoda → alternativa → nejistota
        → rozsah platnosti → vlastní přínos → vazba na publikovaný výstup

Když některé pole nejde vyplnit, není to problém formátování textu, ale problém argumentu — a komise ho najde.

Formální úpravu disertace a autoreferátu určuje FBI_SME_10_002 a univerzitní zadání.

Lhůty, které se snadno podcení

Co doložit

• publikační minimum: 3× Jimp/JSC/D, z toho ≥ 1 WoS s JIF, afiliace FBI, součet podílů ≥ 1,0;
• výpisy z OBD, WoS a Scopus s podíly;
• splnění mezinárodního rozměru (formulář z přílohy 4);
• splněné kredity a milníky podle OSP;
• autoreferát podle předepsané úpravy.

Kompletní odškrtávací checklist je v sekci Kontrolní body → Obhajoba.

• Připravte prezentaci kolem argumentu, ne kolem kapitol: problém → mezera → otázka → metoda → důkaz → přínos → meze.
• Na každý hlavní závěr mějte připravený jeden slide se důkazem a nejistotou.
• Projděte posudky oponentů a ke každé výtce si připravte krátkou věcnou odpověď — i k té, se kterou nesouhlasíte.
• Umějte říct, co jste udělali vy sami, co se školitelem a co převzali; u publikací znát svůj podíl.
• Připravte se na otázku „co byste udělal jinak“ — přiznaná mez je silnější než obhajoba všeho.
• Vyzkoušejte prezentaci nahlas a na čas, ideálně před kolegy, kteří téma neznají do detailu.